Naukowcy znaleźli 9 nowych koronawirusów. Pomógł im superkomputer

Na łamach prestiżowego czasopisma naukowego "Nature" ukazały się wyniki badania, w którym międzynarodowy zespół wykorzystał superkomputer do analizy 20 milionów gigabajtów danych dotyczących sekwencji genów z 5,7 miliona biologicznie zróżnicowanych próbek. Naukowcy znaleźli 132 tys. wirusów RNA, w tym dziewięć nowych gatunków koronawirusów.

Eksperci zastosowali pionierskie podejście, które opierało się na opracowanej infrastrukturze przetwarzania w chmurze Serratus. Dzięki niemu usprawnili metodę przeszukiwania dostępnych baz danych, dopasowywania sekwencji kwasów nukleinowych i identyfikowania nowych wirusów, w tym koronawirusów.

W pracach pomogło również zastosowanie superkomputera, który posiada moc obliczeniową 22,5 tys. typowych procesorów. Oznacza to, że wykonanie podobnych analiz przy użyciu tradycyjnego komputera zajęłoby ponad rok i pochłonęło setki tysięcy dolarów. W tym przypadku analiz zajęły 11 dni, a ich koszt wyniósł 24 tys. dolarów.

Badania pozwoliły zidentyfikować 132 tys. wirusów RNA, z których tylko 15 tys. było wcześniej znanych nauce. Wśród nich znajdowało się dziewięć nowych gatunków koronawirusów. Eksperci uważają, że najprawdopodobniej pochodzą one od świń, ptaków oraz nietoperzy. Na razie nie wiadomo, czy są one groźne dla ludzi i czy można się nimi zarazić.

- Jeśli u pacjenta wystąpi gorączka nieznanego pochodzenia, po zsekwencjonowaniu krwi można teraz połączyć tego nieznanego wirusa u człowieka ze znacznie większą bazą danych istniejących wirusów. Jeśli na przykład pacjent ma infekcję wirusową nieznanego pochodzenia w St. Louis, możesz teraz przeszukać bazę danych w około dwie minuty i połączyć tego wirusa z, powiedzmy, wielbłądem z Afryki Subsaharyjskiej, z którego próbki pobrano w 2012 r. – wyjaśnił dr Artem Babaian, niezależny badacz, który pracował nad projektem.

Naukowcy uważają, że ich analizy mogą okazać się przydatne w walce z przyszłymi pandemiami i epidemiami. Rozwiązanie pozwala szybciej rozpoznawać wirusy i identyfikować ich naturalne źródło. Dzięki temu w przyszłości może to pozwolić na wczesne rozpoznawanie infekcji o potencjale pandemicznym i niedopuszczenie do ich dalszego rozprzestrzeniania.